研究生院(Graduate School, 简称：GS）是经菲律宾高教委批准设立的永恒大学独立学院，是菲律宾高教委认证的LEVEL4等级学院。学院位于永恒大学总校所在地菲律宾首都马尼拉的Las Piñas市，距马尼拉国际机场仅30分钟车程。学院下设教育学专业、护理学专业、工商管理专业以及公共管理专业等四专业，拥有6个博士学位授权点和16个硕士学位授权点，以及菲律宾移民局认证的留学生招生资格。截止目前，研究生院拥有菲律宾、韩国、印度、尼日利亚、中国等国家和地区的1300余名硕士、博士研究在此就读。研究生院拥有一支高水平的研究生导师队伍，现有112名教职人员，均为硕士以上学习，其中授课教授均为博士学历。