1996年3月9日，成立了山东大学产权研究所，最初几年在产权理论和制度经济学领域取得重要成果。2001年6月，合并重组后的山东大学，通过师资队伍和学科的整合，以产权研究所为基础改组扩建为经济研究院（中心），使之成为独立建制、直属学校的学院级科研和研究生培养机构，教育部长江学者特聘教授黄少安任院长。

研究院始终坚持以“崇尚经济科学、培养优秀人才、服务社会进步”为宗旨，坚持兼容并蓄、自由发展。